برخی از مغرضان بیان می‌کنند که تاریخ زندگی حضرت معصوم بسیار اندک است و هیچ نامی از ایشان جز درباره مدفون شدن در قم نیست. به عبارت دیگر هیچ فضیلت خاصی برای ایشان از لحاظ کمالات معنوی و علمی و اجتماعی ذکر نشده است. چگونه کسی که هیچ نام و نشانی از او در تاریخ نیست این همه کرامت و مقام شفاعت و غیره پیدا کرده است؟

در ادامه در پاسخ به این شبهه، برخی از فضائل و امتیازات حضرت فاطمه معصومه(س) اشاره می‌شود.

حضرت فاطمه معصومه(س) دختر امام موسی بن جعفر الکاظم(ع) و خواهر امام علی بن موسی الرضا(ع) و عمه امام محمد تقی الجواد(ع) است. امتیازات معنوی حضرت معصومه فراوان است. تنها یکی از امتیازات معنوی آن حضرت حوزه علمیه قم است که قرنهاست نور علم از آن در سراسر جهان چرتو افکنی می نماید.

فضایل و امتیازات حضرت فاطمه معصومه(س) وقتی روشن می‌شود که پیوند آن بزرگوار با علم معلوم گردد. علم و دانش این بانوی گرامی اسلام بیش از آن است که در معرض شناخت ما قرار گرفته است.

جایگاه علم در دین مبین اسلام بسیار خطیر است. خداوند متعال علم و دانش را از الطاف خاص و ویژه خود به پیامبران و دانشمندان قرار داده درک و دریافت وحی و ابلاغ آن را با علم عجین کرده است. برای پی بردن به فضیلت و مقام والای حضرت معصومه(س) و اینکه چرا و چگونه بوده است که آن بانوی کریمه در بین دیگر امامزادگان از برتری و جلالت شأن ویژه برخوردار بوده است.

در این خصوص کافی است به فضایل و ویژگی‌های علمی آن بانوی گرامی پی ببریم. پیوند بین علم و معنویت است که به انسان جاودانگی می‌بخشد. چون علم از صفات الهی است و از تجلیات بزرگ خداوند است و همین تجلی بزرگ است که آدم را مسجود ملائکه قرار داده است.

در دین اسلام علم و عالم از جایگاه بی نظیر برخوردار است. نگاه قرآن و سیره معصومان(ع) به علم نیز مؤید جایگاه رفیع علم است. امتیاز و ویژگی بزرگ حضرت معصومه(س) پیوند آن حضرت با علم است. تأکید ائمه(ع) به زیارت و پاداش بزرگ زیارت آن حضرت،  همه از این جهت است که مکانت علمی حضرت برای دیگران روشن شود.

پیوند آن بانوی گرامی با علم و فضیلت است که مدفن آن حضرت سبب پیدایش یک شهر بزرگ معنوی در مرکز ایران گردیده و پس از حضور آن حضرت در این شهر و واقع شدن مزارش، علم اهل بیت(ع) در این شهر جوانه زده و روز به روز رشد یافته است. محدثان بزرگ در این شهر برخاسته و علوم اهل بیت(ع) را رواج داده اند و آثار علمی بزرگ پدید آورده و تمدن اسلامی را رونق بخشیده‌اند.

پس از حضور حضرت معصومه(س)، شهر قم به عنوان یک شهر بزرگ علمی مورد توجه قرار گرفت و به تدریج این شهر تبدیل به مرکزی در علم و تمدن گردید که برای خود سبک خاص داشت.

حضرت معصومه(س) از برجستگی علمی برخوردار بود و با حضورش در قم، روح بزرگ علمی از مدینه به ایران مهاجرت کرد همان سان که با حضور برادرش در خراسان علم از مدینه غروب کرد و در ایران طلوع نمود.

امام رضا(ع) به منزله خورشید از مدینه غروب و در شرق ایران طلوع کرد. علم الهی نیز با آن حضرت در خراسان طلوع کرد که پس از حضور آن حضرت خراسان هم از جهت تمدنی روز به روز در پیشرفت بود هم از لحاظ علمی و رویش عالمان کم نظیر تاریخ، که در بلاغت و هنر نوشتن سرآمدان تمام روزگار در جهان اسلام شده اند، بسیاری از دانشمندان بلیغ و زبردست در این منطقه پرورش یافته اند، نفس قدسی امام و جلسات علمی و مناظرات با دانشمندان فضای خراسان را علمی کرد و عالمان و فقیهان بزرگ اسلام از اهل سنت و شیعه از این دیار برخاستند.

همین پیوند و قرابت علمی در حضرت معصومه(س) نیز وجود داشت چنان که نقل شده جمعی از شیعیان به مدینه آمدند تا به محضر امام برسند و سئوالات خود را جواب بگیرند. حضرت حضور نداشت، مراجعه کنندگان که سئوال علمی داشتند می‌خواستند از در خانه حضرت با یأس و ناامیدی و اندوه برگردند اما حضرت معصومه(س) که هنوز به سن بلوغ نرسیده بودند آنها را از اندوه رها کرد و تمام سئوال‌های آنان را پاسخ داد. شیعیان مدینه را ترک و در بیرون شهر با امام روبرو شدند و پاسخ‌های حضرت معصومه(س) را به آن حضرت نشان دادند و امام با دیدن دستخط و پاسخ‌های دخترش اظهار شعف و شادی نمود و فرمود «فداها ابوها» پدرش فدای چنین دختری باد.

این پیوند با علم و دانش، با روح ملکوتی حضرت معصومه(س) به شهر قم منتقل شد و فقاهت را در شهر قم به اوج رشد خود رسانید.

حکمت و سرّ برتری حضرت معصومه(س) به سایر امامزادگان را باید با ادراک شهودی و باطنی تفسیر کرد. حیات انسانیت با علم است و علم حیاتی مرگ ناپذیر است. علم همیشه زنده است و مایه حیات جوامع انسانی است از این رو شهرهایی که مدفن و مزار اهلبیت در آن قرار گرفت چون شمع همیشه روشن، مرکزیت علمی را مختص خود کرده‌اند، در حالی که قبرستان های فراوانی در دنیا وجود دارد که هرگز بوی علم از آنها به مشام نمی رسد بلکه بوی ویرانی و اندوه از آنها مشام انسان را از حیات ناامید می‌کند. اما مزار اهلبیت(ع) مرکز نشر علوم شده است. تفاوت قبر آنها با دیگران در این است چنان که در زیارت جامعه می خوانیم «قبورکم فی القبور» قبرهای شما در میان قبرهاست اما با این تفاوت که از آنها زندگی رضایت و معنویت به جامعه الهام می شود این ویژگی از پیوند علم با این خاندان حکایت دارد.

برتری حضرت معصومه(س) از این قرابت و پیوند حکایت دارد که مدفنش مرکز نشر علوم گردیده و علم از کوفه و نجف و مدینه غروب کرده و در شهر مقدس قم سر برآورده است. این مرکزیت علمی در اخبار اهل بیت(ع) نیز منعکس شده  که حکمت آن بعدها روشن شده و روند تاریخ علمی به خوبی نشان می‌دهد که پس از رحلت حضرت معصومه(س) در قم این شهر مرکز ثقل علمی شد. بی حکمت نیست که بزرگترین فلاسفه و حکمای جهان افرادی چون ملاصدرای شیرازی بهترین آثار علمی خود را در مجاورت و با استعانت از این بانوی بزرگ می‌نویسد.

حال و هوای شهر قم مملو از رویش علمی است و این فرصت بی نظیر در هیچ نقطه جهان با این امنیت میسر نبوده است، چون حضرت معصومه(س) بانوی علم و فضایل است.

یکی دیگر از علل برتری بانوی فضیلت و کریمه اهلبیت(س) نسبت به سایر امامزادگان تقوای زهرا گونه آن حضرت است.

 بانوی فضیلت ها چونان مادرش در تقوی و پاکدامنی در عصر خود در میان بانوان نظیر نداشته، اگر چه اطلاعات زیادی از زندگی آن حضرت در مدینه در منابع دیرین وجود ندارد اما با اینکه آن حضرت در جوانی در شهر قم رحلت نموده و در مدت کمی که در شهر قم، اقامت کرد محل عبادت مخصوصی داشت، که اکنون مزار عابدان و مؤمنان در شهر قم و محلی است که الهام بخش و منعکس کننده اوصاف و سیره عبادی حضرت معصومه(س) است.

این دو ویژگی مهم حضرت معصومه(س) از شهر قم یک شهر مهم مذهبی و علمی بی نظیر در دنیا ساخته است که مردم از تمام کشورها و ملت های جهان برای تحصیل در این شهر حضور دارند و به کسب علوم آل محمد(ص) با عشق وافر و زاید الوصف اشتغال دارند.

در پرتو توجهات و فیوضات حضرت فاطمه معصومه(س) علوم اسلامی در این شهر رشد و گسترش بی نظیر در طول تاریخ یافته و عالمان بزرگی در دامن معنویت این بقعه مطهر و آسمانی تربیت شده، هر یک از عالمان تربیت شده در فضای معنوی شهر قم در هر نقطه از ایران و جهان استقرار یافته اند. نور علم و معنویت را در آن منتشر کرده و بذر علم و تقوی را در دل شیفتگان علم و تقوی نهاده اند. به نحوی که شعاع نورشان تا قیامت درخشش خواهد داشت.

حضرت فاطمه معصومه(س) با فضایل و کرامات محسوس مشتاقان علم و علمای بزرگ را مورد لطف و توجه قرار داده و هیچ حاجتمندی از لطف آن حضرت محروم نبوده است. باب کرامت و بخشش امامت از سوی آن بانوی الهی نیز پیوسته در حال تربیت نفوس کریم است. هر یک از ابعاد شخصیتی آن بانوی مقدس برای دانشمندان یک ویژگی و برتری بخشیده است. درباره کرامات آن بانوی گرامی مراجع عظام و طلاب علوم دینی خاطرات و تجارب ذی قیمتی دارند که اگر تمام آنها به دقت ثبت شود هزاران اوراق را طلایی خواهد کرد.

از دیگر علل برتری حضرت فاطمه معصومه(س) و توجه و علاقه عمومی و اقبال مردم به زیارت آن حضرت، که از توجه ائمه(ع) به آن حضرت برآمده به نحوی که روایاتی از امام صادق و سایر ائمه(ع) درباره فضایل و امتیازات شهر قم وارد شده که رویکرد آنها به وجود مرقد حضرت معصومه(س) در شهر قم است. این روایات در بین مردم توسط علما رواج یافته و توجهات عمومی را به این شهر معطوف داشته است.

امام رضا(ع) که در ایران حضور داشت بر اساس برخی از روایات در قم حضور یافته و قبر خواهر کریمه‌اش را زیارت و نحوه زیارت و آثار و برکات آن را به مردم تبیین فرموده، نظیر روایتی که سعد قمی از امام نقل کرده که هر کس او را (معصومه) با شناخت و معرفت زیارت کند، پاداش معنوی آن معادل بهشت است.

زیارتنامه ای که حضرت معصومه(س) دارد مأثور است زیرا امام رضا(ع) آن را به مردم تعلیم و آموزش داد، که شاید بیشتر امامزادگان چنین متن زیارتی معتبر نداشته باشند. از این روی شهر قم همواره امتیازات و ویژگی خاص داشته و دارد و تمام امتیازات معنوی و فرهنگی که در این شهر وجود دارد مرهون وجود این بانوی بسیار کریم است.